Thông tư 121/2025/TT-BTC: sửa nhiều quy định về thủ tục và quản lý thuế

Thông tư 121/2025/TT-BTC (Bộ Tài chính) đã sửa đổi, bổ sung hàng loạt quy định liên quan đến:

• Thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan

• Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu

• Quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu

Trong quá trình triển khai, hải quan địa phương phản ánh phát sinh vướng mắc, nổi bật ở hai nhóm nội dung: khai bổ sung hồ sơ và xử lý tờ khai với hàng bị buộc tái xuất/tiêu hủy.

Vướng mắc 1: Khai bổ sung hồ sơ – “chứng từ giấy” hay “điện tử”?

Theo quy định tại điểm a.8 khoản 2 Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung và cập nhật tại Thông tư 121/2025/TT-BTC), với tờ khai xuất/nhập khẩu vận chuyển bằng hàng rời, hàng xá, nếu sau khi hàng đủ điều kiện qua khu vực giám sát mà phát sinh chênh lệch số lượng/trọng lượng so với khai báo, công chức hải quan phải kiểm tra và xác nhận trên một trong các chứng từ:

• Phiếu cân hàng của cảng, hoặc

• Biên bản nhận hàng có đại diện người bán ký xác nhận, hoặc

• Biên bản ghi nhận tại hiện trường giám định.

Trong khi đó, khoản 1 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC quy định việc xuất trình chứng từ, trong đó hồ sơ khai bổ sung được thực hiện qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

Sự “giao nhau” giữa yêu cầu xác nhận trên chứng từ giấy và nộp hồ sơ qua hệ thống điện tử dẫn tới cách hiểu khác nhau tại cơ sở. Theo phản ánh từ Chi cục Hải quan khu vực VIII, phát sinh 2 điểm hỏi lớn:

1. Công chức hải quan sẽ xác nhận hoàn toàn trên chứng từ giấy để lưu hồ sơ hay có thể xác nhận trên hệ thống điện tử (E5)?

2. Với lô hàng mở tờ khai tại hải quan ngoài cửa khẩu, khi hải quan cửa khẩu giám sát không truy cập đủ hồ sơ trên hệ thống, việc xác nhận chứng từ sẽ thực hiện theo cách nào?

Đặc biệt, tại khu vực cảng biển có hoạt động chuyển tải, sang mạn, neo đậu, nơi điều kiện giám sát trực tiếp hạn chế, đơn vị đề xuất xem xét cơ chế xác nhận trên hệ thống điện tử để giảm hồ sơ giấy và tạo thuận lợi thông quan.

Phản hồi của Cục Hải quan: nộp chứng từ qua hệ thống để hoàn tất thủ tục

Cục Hải quan cho biết: khi khai sửa đổi, bổ sung, người khai hải quan nộp Phiếu cân/Biên bản nhận hàng/Biên bản hiện trường giám định (có xác nhận của công chức giám sát) cho hải quan nơi đăng ký tờ khai thông qua hệ thống để hoàn tất thủ tục.

Đối với hoạt động chuyển tải, sang mạn tại cảng biển, căn cứ Điều 52b Thông tư 38/2015/TT-BTC, việc giám sát thực hiện theo cơ sở thu thập thông tin, phân tích và đánh giá rủi ro. Tùy trường hợp, Đội trưởng hải quan quản lý khu vực có thể phân công công chức giám sát thông qua:

• Seal định vị điện tử gắn trên phương tiện vận chuyển nội địa

• Hệ thống AIS (nhận dạng tự động hàng hải)

• Hoặc giám sát trực tiếp/cơ động kết hợp tuần tra, kiểm soát và phối hợp lực lượng chức năng

Căn cứ kết quả giám sát và đối chiếu chứng từ người khai nộp, nếu đủ cơ sở phù hợp thực tế, công chức giám sát sẽ ký xác nhận để làm căn cứ khai bổ sung.

Vướng mắc 2: Hủy tờ khai khi bị buộc tái xuất/tiêu hủy – Cục Hải quan nói “không thuộc diện hủy”

Một nội dung khác gây lúng túng là quy định tại Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung và cập nhật tại Thông tư 121/2025/TT-BTC) về hủy tờ khai hải quan.

Theo phản ánh, so với trước đây, quy định cho phép hủy tờ khai với trường hợp: hàng hóa không đáp ứng quản lý/kiểm tra chuyên ngành và bị xử lý vi phạm kèm hình thức phạt bổ sung buộc tái xuất hoặc tiêu hủy đã bị bãi bỏ. Một số đơn vị đề xuất vẫn cho phép hủy tờ khai trong trường hợp này để đồng bộ dữ liệu (do tái xuất thực hiện theo biên bản giám sát và không mở tờ khai xuất mới).

Tuy nhiên, Cục Hải quan khẳng định: hàng hóa bị buộc tái xuất, tiêu hủy hoặc bị tịch thu theo quyết định xử lý hành chính/hình sự không thuộc diện hủy tờ khai.

Sau khi hoàn thành hình thức xử phạt bổ sung, công chức hải quan:

• Cập nhật vụ việc trên hệ thống tại mục “Cập nhật ý kiến của công chức xử lý”

• Chuyển xử lý thủ công bằng nghiệp vụ PAI/PEA với mã lý do MID

Trong khi đó, các trường hợp được hủy tờ khai theo Điều 22 chỉ áp dụng khi:

• Hàng đã đăng ký tờ khai nhưng còn trong khu vực giám sát và người khai từ chối nhận hàng theo Nghị định 08/2015/NĐ-CP (sửa đổi tại Nghị định 167/2025/NĐ-CP), hoặc

• Người nhập khẩu không đáp ứng điều kiện là người khai hải quan

Với các trường hợp này, sau khi hoàn tất thủ tục từ chối nhận hàng và giám sát tái xuất, hải quan nơi đăng ký tờ khai mới thực hiện hủy theo quy định.